Problemática
Se encontró un problema al desactivar/activar las URLS amigables desde el back office de prestashop. Después de navegar por el back office se encontró lo siguiente:
Imagen 1
Aquí te señala archivos dañados o eliminados que son necesarios para prestashop.
Solución
Para solucionar esto basta con ir a la página de descargas de prestashop y descargar la versión original que tenga tu prestashop.
Una vez descargado simplemente te diriges a cada ruta que nos da la imagen 1, y simplemente agregas el .htaccess del original a tu servidor de contenidos.